Dezinfekcija cjevovoda je postupak obrade vode dezinfekcijskim sredstvom s ciljem uklanjanja patogenih i drugih mikroorganizama i postizanja zdravstvene ispravnosti vode za ljudsku potrošnju. To je zadnji postupak sa svrhom eliminacije tj. Smanjivanja broja mikroorganizama u vodi. Dezinfekcija cjevovoda se većinom se vrši klorom, klor dioksidom ili ozonom.

Nakon izgradnje cjevovoda i priključaka ili zamjene dijela ili cjelokupnog cjevovoda potrebno je provesti dezinfekciju ispiranjem i/ili dezinfekcijskim sredstvom. Dezinfekcija se provodi nakon provedene tlačne probe.

U svrhu dezinfekcije potrebno je koristiti isključivo pitku vodu. Također je potrebno poduzeti odgovarajuće mjere za pripravu i odvođenje vode korištene za ispiranje i dezinfekciju uz posebnu brigu o zaštiti okoliša.

Dezinfekciju provodi ovlaštena pravna osoba po posebnom propisu uz stalnu kontrolu i primjenu zaštitne opreme.
Kod dezinfekcije cjevovoda treba uzeti u obzir da ista voda u različitim prilikama ili različitim godišnjim dobima ne troši istu količinu klornog preparata. Ukoliko se u vodi pojavi višak klora nakon obavljene dezinfekcije i uspostavljene ravnoteže, to znači da je dezinfekcija cjevovoda uspješna. Taj višak se zove slobodni rezidualni klor (SRK). Njegova koncentracija u vodi za ljudsku potrošnju treba biti do 0,5 mg/l.

Dezinfekcija vode za piće može se obavljati na dva načina: redovno kloriranje i hiperkloriranje. Kod hiperkloriranja se koristi deset puta veća količina dezinfekcijskog sredstva i da se voda može koristiti nakon obaveznog uklanjanja viška klora nakon proteka 24 sata. Kod redovitog kloriranja voda za piće se može koristiti nakon 30 minuta bez uklanjanja viška klora.

Zdravstvenu ispravnost vode za ljudsku potrošnju nakon provedene dezinfekcije utvrđuje službeni laboratorij u skladu sa Zakonom o vodi za ljudsku potrošnju.